Cơ cấu tổ chức của Trường hiện nay gồm: Hội đồng Trường; Ban Giám hiệu (01 Hiệu trưởng; 02 Phó Hiệu trưởng); 03 cơ sở: Trụ sở chính thuộc huyện Khoái Châu, tỉnh Hưng Yên, cơ sở Mỹ Hào thuộc phường Nhân Hòa, thị xã Mỹ Hào, tỉnh Hưng Yên, cơ sở Hải Dương thuộc Phường Tân Bình, TP.Hải Dương; các đơn vị chức năng gồm 09 phòng, 02 trung tâm, 11 khoa, 01 bộ môn. Cơ sở 1 là trụ sở chính, bao gồm 09 phòng, 02 trung tâm, 07 khoa, 01 bộ môn. Cơ sở 2 gồm 4 khoa.

Ngoài ra, cơ cấu tổ chức của Trường còn có: Hội đồng Khoa học và Đào tạo cấp Trường có nhiệm vụ tư vấn cho Hiệu trưởng về mục tiêu, CTĐT, kế hoạch dài hạn và kế hoạch hằng năm phát triển giáo dục - đào tạo, KH&CN, đào tạo, bồi dưỡng đội ngũ GV, cán bộ, nhân viên; Hội đồng các khoa; tổ chức Đảng, đoàn thể: Đảng ủy, Công đoàn, Đoàn Thanh niên, Ban nữ công; các Hội đồng khác như: Hội đồng tuyển dụng, Hội đồng tuyển sinh, Hội đồng thi đua khen thưởng, Hội đồng kỷ luật, Hội đồng xét nâng lương, Hội đồng xét chuyển ngạch, Hội đồng xét hưởng phụ cấp thâm niên, Hội đồng đánh giá chất lượng lao động... Các hội đồng này là các tổ chức tư vấn cho Hiệu trưởng xem xét để có quyết định đúng đắn, kịp thời những vấn đề cơ bản, quan trọng liên quan đến toàn bộ hoạt động của Nhà trường.

Bên cạnh việc kiện toàn bộ máy tổ chức theo hướng tinh gọn, Nhà trường còn ban hành các văn bản quy định về tiêu chuẩn đối với CBQL và GV đảm bảo phù hợp với các văn bản hướng dẫn của Nhà nước và tình hình thực tế của Trường. Đồng thời, Nhà trường đã xây dựng hoàn thiện chức năng, nhiệm vụ của các đơn vị trong trường.

• Hệ thống các phòng - trung tâm
  
  - Phòng Tổ chức - Cán bộ
  - Phòng Đào tạo
  - Phòng Tài chính - Kế toán
  - Phòng Hành chính- Quản trị
  - Phòng Thanh tra & Pháp chế
  - Phòng Công tác sinh viên
  - Phòng Quản lý Khoa học công nghệ và Hợp tác quốc tế
  - Phòng Thiết bị & Xây dựng
  - Phòng Đảm bảo Chất lượng & Khảo thí
  - Trung tâm Thông tin Thư viện
  - Trung tâm Tuyển sinh & Truyền thông
  

• Hệ thống các cơ sở trực thuộc: 

- Cơ sở Khoái Châu – trụ sở chính (đặt tại huyện Khoái Châu – Hưng Yên)
- Cơ sở Mỹ Hào (đặt tại huyện Mỹ Hào – Hưng Yên)
- Cơ sở Hải Dương  (đặt tại thành phố Hải Dương)   

• Hệ thống các khoa, bộ môn trực thuộc:

      Tổng số CBCC,VC và NLĐ tính đến thời điểm 01/10/2019: 514 người. Cụ thể có 01 GS.TSKH; 15 PGS.TS; 74 TS; 100 NCS; 234 Thạc sĩ; 06 học viên Cao học; 42 Đại học; Cao đẳng và trình độ khác: 42.

 Trong đó đội ngũ Giảng viên gồm có 374 người, bao gồm 01 GS.TSKH; 15 PGS.TS; 74 TS; 97 NCS; 183 Thạc sĩ, 04 học viên Cao học.